Im Westen von Tokio, Academy City, leben 2 Millionen Studenten, die dort spezielle psychische Fähigkeiten entwickeln. Sie werden eingeteilt in Stufen von Level 0 bis 6. Kamijou Touma ist ein Level 0, doch er besitzt eine Kraft namens Imagine Breaker, welche jede andere übernatürliche Kraft aufhebt. In den Sommerferien rettete er Index von Magiern, die sie verfolgten, und half Misaka Mikoto (Level 5) bei ihrem Kampf gegen den stärksten Level 5, Accelerator. Schließlich rettete er die Welt, indem er den Zauber “Angel Fall” abwehrte.

Nun beginnt das zweite Semester und Touma wird sich schon bald in einer Schlacht zwischen gläubigen Wissenschaftlern und Magiern verwickeln.